c210bf1e-a55c-440f-810f-8f68b1ef9a9d Huvet Arnaud IFREMER 02 98 22 46 93 02 98 22 46 53 Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Brest France France Arnaud.Huvet@ifremer.fr pointOfContact 2025-12-13T10:05:49.087779Z ISO 19115-3 - SEXTANT ISO 19115-3 - SEXTANT 1.0 WGS 84 (EPSG:4326) EPSG 8.6 Analyses de communautés bactériennes sur des microplastiques collectés en rade de Brest Analyses de communautés bactériennes sur des microplastiques collectés en rade de Brest Microplastic bacterial communities in the Bay of Brest 2018-03-28 publication FR-330-715-368-00032-DATARMOR_BIOINFO_MICROPLASTIQUE_RADE_BREST DOI:10.12770/c210bf1e-a55c-440f-810f-8f68b1ef9a9d A partir d’échantillons collectés dans le cadre de la thèse de Laura Frère soutenue en 2017 vouée à une première cartographie de la contamination en microplastiques en rade de Brest, ce projet a réalisé l’analyse des espèces colonisatrices de ces microplastiques collectés montrant que les microplastiques sont un substrat anthropogénique support d’assemblages bactériens spécifiques. Laboratoire LEMAR Frere Laura Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR), UMR 6539 CNRS/UBO/IRD/IFREMER – Institut Universitaire Européen de la Mer Laura.Frere@ifremer.fr author Maignien Lois Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (LM2E), UMR 6197 IFREMER/UBO/CNRS – Institut Universitaire Européen de la Mer lois.maignien@univ-brest.fr author Chalopin Morgane Ifremer, Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR), UMR 6539 UBO/CNRS/IRD/Ifremer) morgane.chalopin@univ-brest.fr author Huvet Arnaud Ifremer, Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR), UMR 6539 UBO/CNRS/IRD/Ifremer) 02 98 22 46 93 02 98 22 46 53 Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Brest France France Arnaud.Huvet@ifremer.fr author Cassone Anne-Laure Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR), UMR 6539 CNRS/UBO/IRD/IFREMER – Institut Universitaire Européen de la Mer author Rinnert Emmanuel Ifremer, Laboratoire Détection, Capteurs, Mesures (RDT-LDCM) 02 98 22 41 61 02 98 22 45 35 Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Brest France France Emmanuel.Rinnert@ifremer.fr author Morrison Hilary Josephine Bay Paul Centre for Molecular Biology and Evolution, Marine Biological Laboratory author Lambert Christophe Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR), UMR 6539 CNRS/UBO/IRD/IFREMER – Institut Universitaire Européen de la Mer christophe.lambert@univ-brest.fr author Reveillaud Julie ASTRE, INRA, CIRAD, University of Montpellier Julie.Reveillaud@ifremer.fr author Paul-Pont Ika Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR), UMR 6539 CNRS/UBO/IRD/IFREMER – Institut Universitaire Européen de la Mer Ika.Paul-Pont@univ-brest.fr author IFREMER sismer@ifremer.fr publisher https://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/api/records/c210bf1e-a55c-440f-810f-8f68b1ef9a9d/attachments/MICROPLASTIQUE_RADE_BREST.png Habitats et biotopes Habitats et biotopes Habitats and biotopes GEMET - INSPIRE themes, version 1.0 GEMET - INSPIRE themes, version 1.0 2018-07-27T14:39:48 publication 2018-07-27 publication geonetwork.thesaurus.external.theme.httpinspireeceuropaeutheme-theme /Milieu biologique/Bio-Informatique /Milieu biologique/Bio-Informatique /Biological Environment/Bioinformatics Thèmes Sextant Thèmes Sextant 2025-12-09 publication geonetwork.thesaurus.local.theme.sextant-theme Brest Brest Brest Ocean Hackathon - Ville Ocean Hackathon - Ville 2023-01-20 publication geonetwork.thesaurus.local.place.oh_ville Variables ODATIS Variables ODATIS 2023-10-13 publication geonetwork.thesaurus.local.theme.odatis_variables Bioinformatique Bioinformatique Bioinformatics ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names 2025-07-29 publication geonetwork.thesaurus.external.theme.NVS.OD1 Données d'analyse Données d'analyse Analysis data Type de jeux de donnée ODATIS Type de jeux de donnée ODATIS 2025-12-09 publication geonetwork.thesaurus.local.theme.type_jeux_donnee Conditions inconnues Conditions inconnues Unknown conditions Données en accès restreint Données en accès restreint Restricted access utf8 environment -4.58494567 -4.1372528 48.23813846 48.42985686 2015-10-21 2015-12-09 https://doi.org/10.12770/c210bf1e-a55c-440f-810f-8f68b1ef9a9d https://doi.org/10.12770/c210bf1e-a55c-440f-810f-8f68b1ef9a9d DOI DOI du jeu de donnée DOI du jeu de donnée DOI du jeu de donnée https://data-dataref.ifremer.fr/bioinfo/ifremer/pfom/micro-brest/ https://data-dataref.ifremer.fr/bioinfo/ifremer/pfom/micro-brest/ WWW:DOWNLOAD Lien vers la donnée https://doi.org/10.1016/j.envpol.2018.07.023 https://doi.org/10.1016/j.envpol.2018.07.023 WWW:LINK Microplastic bacterial communities in the Bay of Brest: influence of polymer type and size Frère L, Maignien L, Chalopin M, Huvet A, Rinnert E, Morrison H, Kerninon S, Cassone AL, Lambert C, Reveillaud J, Paul-Pont I (2018) Microplastic bacterial communities in the Bay of Brest: influence of polymer type and size. Environmental Pollution 242, 614-625. Frère L, Maignien L, Chalopin M, Huvet A, Rinnert E, Morrison H, Kerninon S, Cassone AL, Lambert C, Reveillaud J, Paul-Pont I (2018) Microplastic bacterial communities in the Bay of Brest: influence of polymer type and size. Environmental Pollution 242, 614-625. /home/ref-bioinfo/ifremer/pfom/micro-brest /home/ref-bioinfo/ifremer/pfom/micro-brest NETWORK:LINK Les échantillonnages correspondent à des traits de filet Manta (complétés par des prélèvements d’eau environnante) réalisés à deux temps, les 21 octobre 2015 et 9 décembre 2015, et dans deux sites de la rade de Brest, proche de la marina récréative correspondant à une zone soumise à fortes activités anthropiques, et en centre de la baie dans un zone caractérisée par l’existence d'un vortex temporaire créé par le courant de surface à marée montante concentrant les débris flottants provenant du nord et du sud de la baie (Frère et al., 2017). Au sein de chaque échantillon, les particules ont été analysées par spectroscopie Raman permettant de discriminer le type de polymère et la taille (Frère, 2017). Les microplastiques ont été poolés en fonction de la zone et du temps de prélèvement, du polymère (polyéthylène (PE), polypropylène (PP) et polystyrène (PS)) et la classe de taille (0,3-1 vs. 1-2 vs. 2-5mm), soit 47 échantillons de microplas tiques et 12 échantillons d’eau de mer filtrée qui ont été étudiés pour leurs assemblages bactériens par séquençage de l'amplicon 16S. Figure : Cladogramme des résultats LEfSe selon les types d'échantillons (microplastiques et eau de mer) pour les échantillons prélevés en rade de Brest en octobre 2015. Les genres bactériens Litoreibacter et Vibrio apparaissent biomarqueurs des microplastiques collectés en rade de Brest (Frère , 2017). Référence : Frère Laura (2017) Les Microplastiques sont-ils une menace en rade de Brest ? Thèse de l’Université de Bretagne Occidentale, 301pp. Financements : La thèse de Laura Frère effectué au sein du LEMAR (CNRS/UBO/IRD/IFREMER) a été financée par Brest métropole et l’Université de Bretagne Occidentale et a eu le soutien des projets Interreg Micro (2012-2014), CRD-ANSES (2015-2017) et FUI20 Microplastiques2 labélisé Pôle Mer (2016-2019).