ddce4bf7-2b71-4929-aa20-50a8fd0e706a Gourmelon Michele IFREMER 02 98 22 45 76 Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Brest France France Michele.Gourmelon@ifremer.fr pointOfContact 2025-12-13T12:03:18.44529Z ISO 19115-3 - SEXTANT ISO 19115-3 - SEXTANT 1.0 WGS 84 (EPSG:4326) EPSG 8.6 Données de metabarcoding 16S de fientes d'oiseaux de bord de mer, de fientes et litières de volailles, d'eaux de stations d'épurations et de fèces et effluents de bovins et porcins Données de metabarcoding 16S de fientes d'oiseaux de bord de mer, de fientes et litières de volailles, d'eaux de stations d'épurations et de fèces et effluents de bovins et porcins 16S metabarcoding data of seabird droppings, poultry droppings and litters, sewage treatment plant water and cattle and pig feces and manure samples 2018-01-23 creation 2021-02-25 revision FR-330-715-368-00032-IFR_BIOINFO_BAC_TRAC2 DOI:10.12770/ddce4bf7-2b71-4929-aa20-50a8fd0e706a Ce jeu de données permet d'avoir une vue d'ensemble sur la diversité des communautés bactériennes présentes dans les fèces et les effluents de différentes origines origines et tout particulièrement dans les fientes d’oiseaux sauvages en France. Le but est de développer de nouveaux marqueurs moléculaires associés à ces différentes origines/hôtes pour identifier l'origine des contaminations fécales dans l'environnement. Ifremer - Laboratoire d'Ecologie Pélagique Boukerb Mohamed IFREMER amine.boukerb@gmail.com author Gourmelon Michele IFREMER 02 98 22 45 76 Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané Brest France France Michele.Gourmelon@ifremer.fr author IFREMER / DYNECO/PELAGOS-LABORATOIRE D'ECOLOGIE PELAGIQUE +33(0)2 98 22 43 34 +33(0)2 98 22 45 98 IFREMER Centre de Brest BP70 IFREMER Centre de Brest BP70 PLOUZANE 29280 France France Michele.Gourmelon@ifremer.fr http://www.ifremer.fr/delec/ http://www.ifremer.fr/delec/ web site publisher https://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/api/records/ddce4bf7-2b71-4929-aa20-50a8fd0e706a/attachments/BioinfoMarine.png Habitats et biotopes Habitats et biotopes Habitats and biotopes GEMET - INSPIRE themes, version 1.0 GEMET - INSPIRE themes, version 1.0 2018-07-27T14:39:48 publication 2018-07-27 publication geonetwork.thesaurus.external.theme.httpinspireeceuropaeutheme-theme /Milieu biologique/Bio-Informatique /Milieu biologique/Bio-Informatique /Biological Environment/Bioinformatics Thèmes Sextant Thèmes Sextant 2025-12-09 publication geonetwork.thesaurus.local.theme.sextant-theme Variables ODATIS Variables ODATIS 2023-10-13 publication geonetwork.thesaurus.local.theme.odatis_variables Bioinformatique Bioinformatique Bioinformatics ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names 2025-07-29 publication geonetwork.thesaurus.external.theme.NVS.OD1 Données d'analyse Données d'analyse Analysis data Type de jeux de donnée ODATIS Type de jeux de donnée ODATIS 2025-12-09 publication geonetwork.thesaurus.local.theme.type_jeux_donnee CC-BY (Creative Commons - Attribution) CC-BY (Creative Commons - Attribution) CC-BY (Creative Commons - Attribution) utf8 environment -180.00 180.00 -90.00 90.00 /home/ref-bioinfo/ifremer/sg2m/bactrac /home/ref-bioinfo/ifremer/sg2m/bactrac NETWORK:LINK https://data-dataref.ifremer.fr/bioinfo/ifremer/dyneco/bactrac/ https://data-dataref.ifremer.fr/bioinfo/ifremer/dyneco/bactrac/ WWW:DOWNLOAD lien de téléchargement Données BacTrac (lien de téléchargement) Données BacTrac (lien de téléchargement) https://doi.org/10.12770/ddce4bf7-2b71-4929-aa20-50a8fd0e706a https://doi.org/10.12770/ddce4bf7-2b71-4929-aa20-50a8fd0e706a DOI DOI du jeu de données DOI du jeu de données DOI du jeu de données DOI of the dataset Les nouvelles technologies de séquençage haut débit (NGS) proposent de nouvelles méthodes d'analyse de la diversité microbienne dont l’approche metabarcoding 16S. Cet outil a été sélectionné dans le cadre du projet BacTrac ((BACtéries fécales, TRACeurs de contamination dans les eaux, 2016-2020) pour développer de nouvelles boites à outils de "Microbial Source Tracking" (MST, pour traceurs de sources microbiennes). Un échantillonnage de fèces (comprenant en particulier des fientes d’oiseaux sauvages) et d'effluents de différentes origines (sources de pollutions) a été réalisé en France (principalement en Bretagne), et les ADN totaux ont été extrais. La diversité bactérienne de ces échantillons a été explorée en ciblant la région hypervariable V3-V4 du gène codant pour l'ARNr 16S, le marqueur taxonomique de référence pour l'identification des bactéries, cultivées ou non. Les données de séquençage (Illumina MiSeq) ont été analysées avec des outils de bioinformatique (principalement SAMBA, pipeline développé au Sebimer) en exploitant les ressources du calculateur datarmor d'Ifremer. Ces analyses bioinformatiques couplées à des analyses biostatistiques ont permis d'extraire les ASVs spécifiques à une série de sources. Un alignement des séquences obtenues avec une base de données créée au laboratoire permet de définir des amorces spécifiques utilisables en qPCR pour une investigation routinière des sources de pollutions ciblées.