L’indicateur biomasse est le percentile 90 des valeurs de concentration en chlorophylle a mesurée mensuellement entre mars et octobre (Soudant et al., 2010). L’indice d’abondance est basé sur la fréquence des blooms. Un bloom est défini sur les côtes françaises de la Manche / mer du Nord comme une concentration supérieure à 100 000 ou 250 000 cellules par litre2, pour un taxon donné dans un échantillon (Soudant et al., 2010). La fréquence mesurée des blooms est ensuite comparée à la fréquence jugée naturelle pour la région, égale ici à deux mois de blooms sur les douze mois d’une année (un bloom au printemps et un autre en automne).

Les résultats des évaluations pour ces deux indices sont réalisés à partir des données Quadrige² sur la période 2005-2010 pour les masses d’eau côtières.

Le bilan d’oxygène figure parmi les éléments de qualité physico-chimiques retenus pour la classification de l’état écologique. La métrique retenue est le percentile 10. Elle se calcule sur des données mensuelles, acquises en été (de juin à septembre) et pendant six ans, au fond et en sub-surface de la colonne d’eau. Les méthodes de prélèvement et d’analyses sont détaillées dans les rapports Daniel (2007) et Aminot et Kerouel (2004). Comme la concentration en oxygène dissous est le seul paramètre utilisé, cet indice est également l'indicateur pour l'élément de qualité. La valeur de référence (= valeur de très bon état) pour le bilan d’oxygène est 8.33 mg/l. Les données sont extraites de la base Quadrige2 en date du 2 mai 2011.

Les macroinvertébrés benthiques constituent d'excellents intégrateurs et indicateurs de l'état général du milieu et peuvent permettre notamment, grâce à certains organismes sensibles, d'identifier et de quantifier les pressions d'origine anthropique qui s'exercent sur ces masses d'eau. Ils peuvent être ainsi de bons témoins de l’enrichissement du milieu en matières organiques. Les métriques de cet élément de qualité, permettant de définir l'état écologique, sont le niveau de diversité et d'abondance des taxa et l’ensemble des taxa sensibles aux perturbations.

L’indicateur retenu pour la qualification des masses d’eau côtières est le M-AMBI (Desroy et al., 2009 et Desroy et al., 2010). Il repose sur :

- l’indicateur AMBI lui-même basé sur la reconnaissance dans le peuplement de cinq groupes écologiques de polluosensibilités différentes, comme proposé par Hily (1984).

Cet indice est basé sur la pondération de chaque groupe écologique par une constante qui représente le niveau de perturbation auquel les espèces sont associées.

- la richesse spécifique, ou nombre d’espèces présentant au moins un individu pour la station

- l’indice de diversité de Shannon-Weaver