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Étude transcriptomique de la reproduction des huîtres du Pacifique et du Portugal

Basée sur l'existence d’une différenciation génétique et phénotypique entre populations d’huître creuse du Pacifique Crassostrea gigas et d’huître creuse portugaise Crassostrea angulata, la présente étude vise à comparer les caractères de reproduction de C. gigas, C. angulata et de leurs hybrides. Pour ce faire, nous avons mis en place une expérience de jardin commun basée sur la comparaison de descendances d'huîtres sauvages du Pacifique originaires de France et d'huîtres creuses portugaises originaires du Portugal et de leurs deux descendances hybrides (C. gigas femelles croisées avec C. angulata mâles GA et inversement AG). Le sex-ratio, le stade de gamétogenèse, l'effort de reproduction, l'indice de condition ont été analysés chez 100 huîtres par descendance. L'expression génique à haut débit basée sur la méthodologie RNAseq a été analysée dans neuf gonades matures femelles par descendance. Un effet maternel sur le transcriptome des gonades femelles matures a été observé, reflétant des signaux moléculaires gonadiques propres au taxon. Plusieurs transcrits sont apparus différemment exprimés entre les descendances de C. gigas et C. angulata. Les transcrits candidats coderaient pour des protéines majeures impliquées dans le contrôle et le succès de la reproduction supposément impliqué dans les différences observées dans les traits de gamétogenèse. Une meilleure qualité des gamètes peut être déduite de C. gigas considéré comme un avantage adaptatif pour coloniser les habitats en lien avec son caractère invasif.

Simple

Date (Creation)
2013-03-01
Date (Publication)
2019-10-15
Identifier
FR-330-715-368-00032-DATARMOR-BIOINFO_GIGALATA
Identifier
DOI:10.12770/df5b36e7-ea13-462a-ae45-6a4ddef283bf
Credit
Projet Aquagenet
Author
  IFREMER - Lapegue Sylvie
Station de La Tremblade - Ronce Les Bains - 17390 La Tremblade , La Tremblade , France
Author
  IFREMER - Huvet Arnaud
Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané , Brest , France
02 98 22 46 93
02 98 22 46 53
Author
  IFREMER - Quillien Virgile
Centre Océanologique du Pacifique - Vairao - BP 7004 - 98179 Taravao - Tahiti - Polynésie Française , Tahiti , France
+689 40 54 60 00
+689 40 54 60 99
Author
  IFREMER - Degremont Lionel
Station de La Tremblade - Ronce Les Bains - 17390 La Tremblade , La Tremblade , France
05 46 76 26 30
05 46 76 26 11
Author
  Instituto Nacional de Recursos Biológicos - Batista Frederico
Author
  IFREMER - Boudry Pierre
Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané , Brest , France
02 98 22 44 02
02 98 22 46 53
Author
  IFREMER - Begout Marie-Laure
Station de La Rochelle - Place Gaby Coll - BP 7 - 17137 L'HOUMEAU , La Rochelle , France
05 46 50 06 08
05 46 50 06 50
Publisher
  IFREMER
GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
  • Habitats et biotopes
Thèmes Sextant
  • /Milieu biologique/Habitats
ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names
  • Bioinformatique
Use limitation
CC-BY (Creative Commons - Attribution)
Access constraints
License
Use constraints
License
Spatial representation type
grid Grid
Metadata language
Français
Character set
utf8 UTF8
Topic category
  • Oceans
N
S
E
W
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Reference system identifier
EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 8.6
Topology level
Geometry only
Number of dimensions
2
Dimension name
Column
Dimension name
Row
Cell geometry
Area
Distribution format
  • ( )

OnLine resource
/home/ref-bioinfo-public/ifremer/pfom/gigalata ( NETWORK:LINK )
OnLine resource
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OnLine resource
DOI du jeu de donnée ( DOI )

DOI du jeu de donnée

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Dataset
Statement

L'échantillonnage a été réalisé sur les gonades d'huîtres en juin 2012. Les analyses histologiques ont été faites et ont permis le tri des individus sur leurs caractéristiques de reproduction. L’ARN total de 36 individus (9 par descendance) a été utilisé pour constituer 36 librairies, séquencés sur 6 lignes de séquenceur Illumina Hiseq2000 (séquences de type paired-end, 2x100 pb).

Légende de la vignette :

Cartographie d'activité des gènes différentiellement exprimés entre les descendances, Crassostrea gigas, C. angulata et leurs deux hybrides. Des clusters de 5 903 gènes (rangées) différentiellement exprimés ont été obtenus en utilisant la corrélation de Pearson. Les gènes montrant un profil d'expression similaire sur tous les échantillons sont regroupés (colonnes). AA: descendance Crassostrea angulata; GG: descendance Crassostrea gigas; GA: descendance hybride obtenue en croisant des femelles de C. gigas avec des mâles de C. angulata; AG: descendance hybride obtenue en croisant des femelles de C. angulata avec des mâles de C. gigas. La couleur représente l'expression normalisée (DESeq2), les niveaux d'expression étant représentés avec une échelle de couleurs, dans laquelle les nuances de rouge représentent une expression plus élevée et les nuances de vert représentent une expression inférieure.

File identifier
df5b36e7-ea13-462a-ae45-6a4ddef283bf XML
Metadata language
Français
Character set
UTF8
Hierarchy level
Dataset
Date stamp
2025-05-16T09:15:11.440622Z
Metadata standard name
ISO 19115-3 - SEXTANT ISO 19115-3 - SEXTANT
Metadata standard version
1.0
Point of contact
  IFREMER - Huvet Arnaud
Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané , Brest , France
02 98 22 46 93
02 98 22 46 53
 
 

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GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
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