L’ensemble des zones professionnelles de production et de reparcage de coquillages vivants (zones d’élevage et de pêche professionnelle) fait l’objet d’un classement sanitaire, défini par arrêté préfectoral. Celui-ci est établi sur la base d’analyses microbiologiques des coquillages issus de ces zones, en utilisant Escherichia coli (E. coli) comme indicateur de contamination fécale (en nombre d’E. coli pour 100 g de chair et de liquide intervalvaire - CLI). Les contaminants de l’environnement sont également recherchés : plomb, cadmium, mercure, hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), dioxines et polychlorobiphényls (PCB).

Le classement des zones distinguent 3 groupes de coquillages au regard de leur physiologie :

Groupe 1 : les gastéropodes marins (bulots, bigorneaux, ormeaux, crépidules...), les échinodermes (oursins, concombres de mer) et les tuniciers (violets) ;

Groupe 2 : les bivalves fouisseurs, c’est-à-dire les mollusques bivalves filtreurs dont l’habitat est constitué par les sédiments (palourdes, coques...) ;

Groupe 3 : les bivalves non fouisseurs, c’est-à-dire les autres mollusques bivalves filtreurs (huîtres, moules, coquilles Saint-Jacques…).

Le règlement européen prévoit que les gastéropodes marins non filtreurs (ex. bulots) et les pectinidés (ex. coquilles Saint-Jacques) peuvent être récoltés en dehors des zones classées, sous certaines conditions.

La classe des zones de production professionnelle est évaluée régulièrement par l’analyse des données issues de la surveillance des zones, en règle générale des trois dernières années. Les règles de classement sont définies dans le règlement d'exécution (ue) 2019/627 de la commission du 15 mars 2019 et prévoient trois classes (A/B/C).