Le CIEM collecte des données marines provenant de programmes nationaux et d'autres instituts (marins), c'est pourquoi, le CIEM n’est pas le principal point de collecte des données marines qu’il détient et qu'il diffuse aux utilisateurs.

La qualité des données est assurée par des programmes internes et externes.

Par exemple, les laboratoires nationaux qui participent aux programmes de surveillance liés aux contaminants et aux effets biologiques et qui communiquent des informations au CIEM, consentent à l'assurance qualité des informations pour la surveillance du milieu marin en Europe (QUASIMEME) ou à l'assurance qualité des effets biologiques dans les programmes de surveillance (BEQUALM) ; qui sont eux-mêmes des programmes d'essais interlaboratoires, ou effectuent en interne, une assurance qualité. Le CIEM fonctionne grâce à un réseau d'experts scientifiques et de groupes consultatifs. Ces groupes, et les processus qu'ils alimentent, servent de contrôle qualité des données marines, tant en ce qui concerne la façon dont les données ont été recueillies que la façon dont elles ont été traitées. Les groupes, en coopération avec les programmes régionaux et dans le cadre des conventions sur les mers régionales, établissent des normes et des lignes directrices pour la collecte, la transmission et l'analyse de ces données.

Aussi, le Secrétariat du CIEM fournit une assurance qualité supplémentaire par le biais de ses programmes internes relatifs aux différents types de jeu de données marin, et qui est rétroactif sur les programmes nationaux et régionaux participants.

Ces programmes et protocoles (internes et externes) ont été établis sur une période de plus de 30 ans. Ils continuent d'évoluer et s'efforcent de refléter les meilleures pratiques connues en matière de collecte et de traitement des données marines pour la communauté du CIEM.