Le référentiel des espèces scientifiques se base sur le World Reference Marine Species (WoRMS) et sur Fishbase pour les poissons. Le WoRMS est le référentiel taxinomique reconnu par la communauté scientifique internationale et préconisé pour les rapportages au CIEM.

Comme dans le WoRMS, le référentiel Harmonie est hiérarchique et suit l’arbre taxinomique (espèce, genre, famille, ordre, …). En plus du nom scientifique et du niveau systématique de l’espèce, l’autorité et l’AphiaID (identifiant unique du WoRMS) sont bancarisés dans Harmonie. Étant donné les évolutions rapides de la taxinomie, la notion de taxons référents ou synonymes est gérée.

Pour les individus mesurés dans les différentes actions de collecte, les espèces scientifiques sont liées au référentiel des relations taille-poids. Ces dernières permettent lors de la saisie de contrôler la cohérence entre les mesures de taille et de poids pour un individu ou un échantillon, ou d’estimer un des 2 paramètres s’il n’a pu être observé.

Les ajouts et modifications sont faits au fur et à mesure en fonction des demandes des utilisateurs. Les mises à jour sont validées par des experts de la thématique avant d’être réalisées en base.