La Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM), adoptée en juin 2008, recommande aux Etats Membres d’entreprendre une approche de gestion des milieux marins fondée sur la notion d’écosystème. Par cette directive, la France s’est engagée à atteindre d’ici 2020 le bon état écologique des milieux marins, pour les eaux métropolitaines sous sa juridiction. Le descripteur 3 stipule que les populations de tous les poissons et crustacés exploités à des fins commerciales se situent dans les limites de sécurité biologique, en présentant une répartition de la population par âge et par taille qui témoigne de la bonne santé du stock. Cette directive s’appuie sur la Politique Commune des Pêches (PCP) et les critères renseignant l’état des stocks sont issus des travaux d’instances internationales comme le Conseil International pour l’Exploration de la Mer (CIEM), la Commission Générale pour la Pêche en Méditerranée (CGPM) ou la Commission Internationale pour la Conservation des Thonidés de l’Atlantique (CICTA).

Le secteur de la pêche en France est présent dans les quatre sous-régions marines mais également au-delà. Il a la particularité d’être hautement diversifié de par tous les métiers pratiqués et tous les milieux où se déroule l’activité de pêche. Les ressources exploitées sont en conséquence très diversifiées et les principales espèces pêchées par les navires français sont les thons Thunnus spp., le merlu Merluccius merluccius, le hareng Clupea harengus, la coquille Saint-Jacques Pecten maximus ou encore les baudroies Lophius spp. La gestion des pêches vise à assurer la durabilité des ressources halieutiques et des activités qui en dépendent en appliquant le principe de Rendement Maximal Durable (RMD). Les instances scientifiques évaluent l’état des stocks au travers de deux indicateurs : la mortalité par pêche (correspondant au critère D3C1) et la biomasse du stock reproducteur (correspondant au critère D3C2), à partir desquels ils produisent des recommandations pour la gestion.

Dans le cadre de l’évaluation au titre de la DCSMM, il est impossible et non pertinent de statuer sur un état écologique global de chacune des sous-régions marines (du point de vue des critères du D3). En effet, les avis émanant des organismes régionaux des pêches (e.g. CIEM, CGPM) concluent à des stocks en amélioration d’un côté, à d’autres qui se détériorent, sans se prononcer sur un état global. En 2015, dans les eaux françaises métropolitaines, 122 stocks de ressources halieutiques bénéficient d’un suivi scientifique dont 33 stocks avec une évaluation quantitative et des valeurs seuils associées, soit seulement 27 % des stocks. Douze stocks sont qualifiés en bon état écologique, comme le lieu noir Pollachius virens de mer du Nord (sous-région marine « Manche – mer du Nord »), la sole commune Solea solea de Manche Ouest (sous-région marine « mers Celtiques ») ou le stock Nord de merlu européen Merluccius merluccius (les 3 sous-régions marines de la façade Atlantique). Les 20 autres stocks bénéficiant d’une évaluation quantitative ne répondent pas aux critères du bon état écologique. C’est le cas, pas exemple, de l’anchois commun Engraulis encrasicolus du golfe du Lion (sous-région marine « Méditerranée occidentale »), du bar Dicentrarchus labrax de mer Celtique, Manche et mer du Nord (sous-régions marines « mers Celtiques » et « Manche – mer du Nord ») ou encore du thon germon Thunnus alalunga d’Atlantique Nord (les 3 sous-régions marines de la façade Atlantique).