Présence en mer

Distribution en mer

Définition de l'abondance et distribution des mammifères marins,

Modélisation géostatistique

Modélisation d'habitats préférentiels

Natura 2000 en mer

Directive Cadre Stratégie Milieu Marin

Interaction avec les activités humaines

Les données d'occurrences témoignent de la présence des espèces (et non pas de leur distribution vraie) et non de leur absence car elles ne sont pas corrigées par l'effort d'observation. Toute interprétation sans analyse préalable et au delà des limites citées est donc sujette à caution.

Les données élémentaires d’échanges sont publiques (espèce, position, date, nom de campagne) et libres d’accès. Elles seront accessibles depuis le site de l’UMS 3462 en cours de réalisation ou directement sur le catalogue PELAGIS (Sextant).

L’utilisation de l'ensemble du jeu de données (paramètres d’observations et d’effort associé) devra faire l’objet d’une demande à l’Observatoire Pelagis et passe par le respect d'une charte d'utilisation des données produites par l'Observatoire.

Avertissement ! Toutes les observations relevées n’ont de valeur quantitative que lorsqu’elles sont associées à l’effort d’observation exercé sur un transect (n observations/n temps d’observation).

Il n'y a pas de données 'brutes' dans la mesure où elles ont été validées, corrigées d’un point de vue technique et scientifique.

Obligation de citation "UMS 3462, Observatoire PELAGIS - AAMP, 'Nom de jeu de données'"

Obligation de prise de contact pour tout usage, toute publication scientifique et/ou "coauthorship" si jugé nécessaire par les propriétaires

- Données issues d'un protocole de collecte et de validation : Guide méthodologique des campagnes aériennes d’observation des oiseaux et mammifères marins sur l’espace maritime métropolitain et zones limitrophes – Programme PACOMM - SAMM. G.Dorémus et al. 2011.

- Le protocole d’acquisition de ces données sur ces campagnes a été mis en place grâce à l’expérience de l’équipe de l’Observatoire PELAGIS acquise depuis plus de 10 ans dans ce domaine notamment à travers les campagnes d’observations aériennes ROMER( 2000-2002), ATLANCET (2003) et SCANS (2005)

Les observations sont faites depuis un avion survolant des transects prédéfinis, à une hauteur constante de 600 pieds et à une vitesse de 90 nœuds. Deux observateurs relèvent les conditions environnementales et les observations suivantes (en surface ou sous la surface):

- selon la méthode de strip transect (bande de 200m): les observations d'oiseaux

- selon la méthode du line transect (jusqu'à 500m): les observations de mammifères marins, de requins, raies, poissons osseux (grands poissons ou bancs de poisson) et tortues marines.

- selon la méthode de strip transect : les macro-déchets (bande de 200 m) et les bateaux (bande de 500m)

Les données sont collectées sous la coordination de l'Observatoire PELAGIS par des équipes de scientifiques et des observateurs, tous formés spécifiquement au protocole d’observation aérienne mis en place dans le cadre de ces programmes (protocole identique sur REMMOA et SAMM).

Bilan : Les campagnes SAMM ont permis de collecter plus de 80 000 données de même nature dans les eaux métropolitaines le long de plus de 100 000 km de transects.

Les campagnes REMMOA ont permis de collecter plus de 55 000 observations sur la mégafaune marine et les activités humaines (déchets, navires et engins de pêche) sur près de 205 000 km de transects parcourus en avion au-dessus de la mer.

- Les survols réalisés en métropole - campagne SAMM (Suivi de la Mégafaune Marine) - s'inscrivent dans le programme PACOMM répondant aux objectifs communautaires de conservation et de valorisation des espaces maritimes (Natura 2000, DCSMM, conventions de mer régionales…).

Le jeu de données est composé de deux jeux de données samm1 pour l'hiver 2011 et samm2 pour l'été 2012.

Pour chaque région d'étude est associée au moins une campagne. Les observateurs sont liés à la campagne ainsi que les secteurs géographiques d'étude. Pour chaque secteur sont associées des strates bathymétriques et des transects liés à chacune de ces strates (à quelques exceptions près pour la région Océan Indien).

- Définition des secteurs : zones correspondant aux domaines maritimes distincts (façade, archipel, etc.)

- Définition des strates bathymétriques : zones au sein de chaque secteur, délimitées en fonction des caractéristiques bathymétriques telles que la profondeur, le relief et le gradient de pente

- Définition des transects : la ventilation de l’effort d’observation entre les strates bathymétriques a été définie en tenant compte des taux d’observations attendus (disponibles dans la littérature ou issus de campagnes précédentes non publiées) afin d’obtenir un nombre significatif d’observations pour les cétacés et de permettre une modification de l’effort au cours de la campagne en fonction des taux réellement observés (augmentation ou diminution de l’effort). Les transects suivent une disposition systématique au sein d’une strate.

Les données sont acquises pendant les vols et sont également enregistrées numériquement.

A terre, les données sont nettoyées des oublis et erreurs de saisie.

La correspondance code espèce, nom, famille, genre a été vérifiée avec le référentiel TAXREFv5.0. L'identification des espèces est affinée par les photos prises le cas échéant.

Les données sont restées dans leur système de coordonnées initial.

Les données sont acquises dans le cadre d'un protocole défini depuis l'acquisition (formation des observateurs) à la validation technique et scientifique et supervisées par les scientifiques de l'Observatoire PELAGIS.

Au retour de campagne, les données subissent un contrôle et une revalidation technique et scientifique par les experts de l'Observatoire Pelagis.

L'effort est ensuite linéarisé et comptabilisé afin de déterminer les taux de rencontre (nombre d'observation/km d'effort parcourus)

Les données d'occurrences sont générées et mises à disposition sur le portail du GBIF et à disposition sur bancarisées dans le système d'information de l'Observatoire PELAGIS

Les données sont à l'heure actuelle stockées dans leur format natif (VOR - Access) et en Géodatabase fichier (ESRI 2012).

Il s'agit du niveau 0 des données, c'est à dire, du niveau de base.

Les données subissent un contrôle qualité automatisé sous FME 2013+.

Il s'agit du niveau 1 des données, c'est à dire du niveau validé où l'effort est linéarisé et relié aux observations.

Les données sont préparées pour les analyses (ajout d'identifiants, découpage de l'effort en segments homogènes, etc.)

Les analyses sont réalisées conjointement sous R et sous Distance.

Il s'agit du niveau 2 des données, c'est à dire du niveau élaboré, ce format des données n'est pas public.

Les taux de rencontre sont calculés pour chaque espèce ou regroupement d'espèces (tels que définis dans les rapports de campagne SAMM 1 et SAMM 2) et pour chaque campagne. Il s'agit des taux de rencontre en nombre d’observation dans chaque maille de la zone d'étude.

Pour calculer ces taux, la première étape consiste à calculer l'effort d'observation réalisé dans chaque maille. La seconde étape est de calculer le nombre d'observations en effort (hors observation en transit, etc.) obtenues dans chaque maille. Le taux de rencontre est le rapport du nombre d'observations réalisées sur le nombre de kilomètres d'effort d'observation, ramené à 1000 km d'effort par une simple règle de trois.

On ne tient pas compte du nombre d'individus observés, mais uniquement du nombre de « contacts » avec une espèce ou un groupe d’espèce (c’est-à-dire que l’on considère l’observation comme unité de comptage, qu’il y ait un seul ou des centaines d’individus dans le groupe observé).

Les taux sont calculés selon les taxons pour deux niveaux de résolution différents: un maillage 40 x 40 km sur l'ensemble des quatre strates (côtier C, néritique N, pente P et océanique O), un maillage 15 x 15 km sur l'emprise de la strate côtière (on prend alors en compte les observations et l'effort de la strate côtière et de la portion des transects néritique qui se trouvent dans cette emprise). Ce second maillage a pour objectif de présenter les données avec plus de détail dans les eaux territoriales où se situent la majorité des aires protégées existantes.