Worldwide infected oshv1 oyster

Séquençage ADN d'huitres (C. gigas et O. edulis) infectées par le virus OsHV-1 en milieu naturel entre 2007 et 2019. Echantillons provenant de différentes régions du monde : Amérique, Espagne, Norvège, Allemagne, France.

Ces données serviront à étudier la diversité des OsHV-1.

Simple

Date (Publication)
2020-02-05
Identifier
FR-330-715-368-00032-IFR_BIOINFO_INFECTED_OSHV1_OYSTER
Identifier
DOI:10.12770/c23b5e85-2bc9-461f-b1c0-9906a58d2db3
Credit
LIGAN CNRS Lille, UMR 8199
Publisher
  IFREMER
Author
  IFREMER - Pelletier Camille
GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
  • Habitats et biotopes
Thèmes Sextant
  • /Milieu biologique/Bio-Informatique
ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names
  • Bioinformatique
Use limitation
CC-BY-NC-SA (Creative Commons - Attribution, Pas d’utilisation commerciale, Partage dans les mêmes conditions)
Access constraints
Restricted
Use constraints
Restricted
Metadata language
Français
Character set
utf8 UTF8
Topic category
  • Environment
N
S
E
W
thumbnail


Begin date
2007-01-01
End date
2020-02-05

Vertical extent

Reference system identifier
EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 8.6
Distribution format
  • ( )

OnLine resource
/home/ref-bioinfo/ifremer/sg2m/vivaldi/data/dna-sequence-raw/worldwide_infected_oshv1_oyster ( NETWORK:LINK )
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DOI du jeu de donnée ( DOI )

DOI du jeu de donnée

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Dataset
Statement

Description des échantillons : Echantillons de manteau ou de pool de larves d'huitres (C. gigas et O. edulis) moribondes infectées par le virus OsHV-1 en milieu naturel entre 2007 et 2019, provenant de différentes régions du monde : Amérique, Espagne, Norvège, Allemagne, France. + 2 échantillons d'eau de mer contaminée par OsHV-1, dont les particules virales ont été concentrée par filtration tangentielle avec Microkros (SpectrumLabs).

Conservation des échantillons avant extraction ADN : Certains individus ont été conservés en alcool (collection LNR), certains individus conservés par congélation (cf fiche métadonnées).

Kit d'extraction ADN: MagAttract HMW DNA Kit

Préparation des librairies : TruSeq DNA PCR Free Illumina

Technologie de séquençage : HiSeq 4000 format PE 2*150pb
File identifier
c23b5e85-2bc9-461f-b1c0-9906a58d2db3 XML
Metadata language
Français
Character set
UTF8
Hierarchy level
Dataset
Date stamp
2025-05-16T00:00:53.122177Z
Metadata standard name
ISO 19115-3 - SEXTANT
Metadata standard version
1.0
Point of contact
  IFREMER - Pelletier Camille
 
 

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Keywords

GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
Habitats et biotopes
ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names
Bioinformatique
Thèmes Sextant
/Milieu biologique/Bio-Informatique

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