Six campagnes annuelles (environ 200 jours de mer) dirigées sur les ressources démersales et pélagiques sont contractualisées avec l'UE dans le cadre du règlement DCF. Les protocoles des campagnes dirigées par l'Ifremer sont disponibles en ligne depuis le site archimer.ifremer.fr. Les campagnes d'observation halieutique sont conduites selon des protocoles d'observation standardisés propres à chaque série. Lorsque des séries sont menés dans le cadre de programmes coordonnés avec d'autres pays (IBTS en mer du Nord et Medits en Méditerranée par exemple), les protocoles sont communs à l'ensemble des pays partenaires. De plus, des efforts sont conduits pour harmoniser les méthodes d'observation entre les séries (en Atlantique nord-ouest et en mer du Nord, au sein du CIEM. D'une façon générale, les éléments standardisés sont l'engin d'échantillonnage (y compris l'ensemble du gréement pour les chaluts), le plan de répartition des stations, la période et la fréquence des observations, la conduite des opérations de prélèvement, les analyses des échantillons ainsi que les formats de stockage des données. A l'Ifremer, les premières séries d'observation standardisées ont débuté pendant la deuxième moitié des années 1970. Chaque campagne dure de quelques jours à plus d'un mois, selon les objectifs et les conditions d'observation. En dépit des soins mis à la préparation de ces données, des défauts inhérents à l'agrégation des informations peuvent persister. Par exemple : En dépit du fait que toutes les données de toutes les séries de campagnes soient présentées selon le même format, des différences dans les stratégies d'observation empêchent la combinaison de données de différentes campagnes dans une même analyse. Par exemple, la capturabilité d'une même espèce varie selon le type d'engin d'échantillonnage utilisé. Il en résulte que chaque engin capture un sous-ensemble particulier des biocénoses échantillonnées. Une propriété commune aux séries d'observations à la mer est l'évolution dans le temps de la compétence des équipes embarquées pour la détermination des espèces. Il peut en résulter des apparitions, des disparitions ou des assignations sous un même nom de taxons proches dans les jeux de données, non représentatifs de l'évolution des populations concernées dans l'écosystème. Pour les campagnes d'une même série, des changements dans les procédures d'échantillonnage, dans les caractéristiques des engins, dans la période de réalisation de la campagne et la zone couverte peuvent influencer les captures. Pour prévenir les risques de biais dans les analyses en raison de ces facteurs, les jeux de données doivent être préalablement filtrés adéquatement. Il est vivement recommandé aux utilisateurs de données de les traiter avec précaution. Si des utilisateurs s'interrogent sur la validité de données, ils sont invités à contacter l'administrateur de la base de données (harmonie@ifremer.fr ).

Les données sont intégrées à Harmonie, le centre de données et système d’information du SIH de l’Ifremer, actuellement en version 2.