Le contexte piscicole est un ensemble de cours d’eau dans lequel l’espèce « repère » fonctionne de façon autonome, c’est à dire qu’elle réalise entièrement son cycle de développement (reproduction, éclosion, croissance). L’unité de gestion est basée sur une unité de population.

On distingue trois types de contextes piscicoles :

- Contexte salmonicole dont le potentiel originel correspond aux exigences du cycle biologique de la truite et de ses espèces d’accompagnement. Espèce repère : la truite commune (Salmo trutta fario).

- Contexte cyprinicole dont le potentiel correspond aux cyprinidés d’eau calme et à leurs prédateurs. Espèce repère : le brochet (Esox lucius).

- Contexte intermédiaire dont le potentiel originel convient aux cyprinidés d’eau vive.

Espèce repère : la truite commune et le brochet ou bien un cortège de cyprinidés rhéophiles comprenant six genres et espèces : les goujons(Gobio sp), les vairons (Phoxinus sp), le chevesne(Squalius cephalus), la vandoise rostrée (Leuciscus burdigalensis), le toxostome (Chondostroma toxostoma) et le barbeau fluviatile (Barbus barbus).

La réalisation des phases vitales de l'espèce repère (Reproduction, Éclosion, Croissance) détermine la bonne fonctionnalité ou non du milieu. Toute perturbation susceptible de porter atteinte au bon accomplissement du cycle vital sera nommée ''Facteur limitant''. La fonctionnalité du contexte, eu égard aux possibilités de réalisations des fonctions vitales de l'espèce repère sera considérée comme :

- Conforme : l'ensemble du cycle biologique peut se dérouler normalement

- Perturbée : au moins une des fonctions est compromise

- Dégradée : au moins une des fonctions est impossible et, sans apports extérieurs, l'espèce disparaît.

L'état du contexte est alors défini (ex : contexte salmonicole conforme, perturbé ou dégradé).

Cet état des lieux, basé sur un diagnostic de type « pressions/impacts », est réalisé à partir d’observations terrain (pêches électriques, études scientifiques sur milieux similaires, observations des pêcheurs et de leurs représentants,…), des documents et des données disponibles auprès des différents acteurs de l’eau du département extrapolées au travers d’hypothèses et de méthodes de calculs