Etude des interactions entre deux herbicides sur deux souches de la microalgue Tetraselmis suecica par analyse RNA-seq

Le projet EMIHP (financement DS Politique de Site 2017-2018) vise à étudier les interactions entre deux herbicides/antifouling (diuron et irgarol) et leur cible, le photosystème II (PSII), sur deux souches de la microalgue Tetraselmis suecica, une souche sauvage (Tetraselmis wild, W) et une souche résistante au diuron (Tetraselmis mutant, M).

Date (Creation): 2017-10-13

Identifier: FR-330-715-368-00032-IFR_BIOINFO_EMIHP_2017

Credit: Ifremer - Laboratoire Ecotoxicologie

Publisher

IFREMER

Author

IFREMER - Rossana Sussarellu

GEMET - INSPIRE themes, version 1.0

Habitats et biotopes

Thèmes Sextant

/Milieu biologique/Bio-Informatique

ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names

Bioinformatique

Use limitation: Conditions inconnues

Access constraints: Restricted

Use constraints: Restricted

Metadata language: Français

Character set: utf8 UTF8

Topic category

Environment

Reference system identifier: EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 8.6

Distribution format

OnLine resource: /home/ref-bioinfo/ifremer/be/EMIHP ( NETWORK:LINK )

Hierarchy level: Dataset

Statement: Les interactions seront étudiées au niveau moléculaire et physiologique. Quatre librairies de mRNA ont été séquencées (soit 1 ligne de HiSeq 3000, 150bp paired-end, Ge-T Toulouse) pour pouvoir déterminer un transcriptome de référence pour cette micro-algue dont on dispose de très peu de ressources génomiques. Les librairies correspondent aux traitements suivants: Tetraselmis wild condition témoin (WT), Tetraselmis wild exposé au mix diuron irgarol (WM), Tetraselmis mutant condition témoin (MT), Tetraselmis mutant exposé au mix diuron irgarol (MT).

Projet EMIHP : Étude Moléculaire des Interactions Herbicides-Protéine

4 librairies RNAseq (HiSeq 3000, 150bp paired-end Ge-T Toulouse) sur la microalgue (Tetraselmis suecica)