La directive s'applique sur le territoire européen des quinze Etats membres.

Elle concerne :

- les habitats naturels d'intérêt communautaire, qu'ils soient en danger de disparition dans leur aire de répartition naturelle, qu'ils disposent d'une aire de répartition réduite par suite de leur régression ou en raison de leur aire intrinsèquement restreinte ou encore qu'ils constituent des exemples remarquables de caractéristiques propres à l'une ou à plusieurs des six régions biogéographiques (alpine, atlantique, continentale, macaronésienne, méditerranéenne et boréale).

- les habitats abritant des espèces d'intérêt communautaire qu'elles soient en danger, vulnérables, rares ou endémiques .

- les éléments de paysage qui, de par leur structure linéaire et continue ou leur rôle de relais, sont essentiels à la migration, à la distribution géographique et à l'échange génétique d'espèces sauvages.

Objectifs :

- La protection de la biodiversité dans l'Union européenne.

- Le maintien ou le rétablissement dans un état de conservation favorable des habitats naturels et des espèces de faune et de flore sauvages d'intérêt communautaire.

- La conservation des habitats naturels (listés à l'annexe 1 de la directive) et des habitats d'espèces par la désignation de zones spéciales de conservation (ZSC) qui peuvent faire l'objet de mesures de gestion et de protection particulières.

- La mise en place du réseau Natura 2000 constitué des zones spéciales de conservation (ZSC) et des zones de protection spéciale (ZPS).

(définition issue de : ATEN, Fiches juridiques 2005)

L'ensemble de la production des données est assurée par les DREAL/DEAL/DRIEE et certains établissements publics de compétence nationale ; le MNHN intervient uniquement sur des aspects de validation des données et de consolidation des couches nationales.

Les contours des zones sont actuellement transmis sous forme numérique (digitalisation réalisée par les opérateurs techniques) au MNHN-SPN qui effectue une série de contrôles pour mettre les données en conformité avec la méthodologie nationale. Ces contrôles préalables à l'intégration des données dans la base géographique nationale sont :

- Des contrôles topologiques liés à la donnée fournie : avec des spécificités par programme, ils visent à éliminer des imperfections de saisie (nœuds papillons, nœuds non signifiants, …). Par méthodologie, cette phase implique la reconstruction d’une topologie, avec une tolérance d’agrégat (le plus souvent 0,5m) : toutes les distances entre 2 nœuds ou tous les vides inférieurs à cette distance sont éliminés.

- Des contrôles topologiques liés à l’intégration des mises à jour dans les couches nationales : résolutions des cas de chevauchement entre les sites d’une même couche.

- Des contrôles de cohérence des géométries avec la base descriptive (superficies, liste de communes, points labels, caractère terrestre/marin/mixte d’un site, …).

- Des contrôles de conformité du format des attributs aux standards INPN.

- Des contrôles de l’exhaustivité des métadonnées.

D’une manière générale, le MNHN-SPN agit uniquement en tant que validateur : il n’intervient pas directement sur la modification de la donnée, mais fait des retours au producteur de la donnée sur les résultats des contrôles, afin que ce dernier opère les éventuelles corrections nécessaires à la mise en conformité. Du moins, ce principe est appliqué si les modifications apportées sont de nature à changer la cohérence de la donnée par rapport à l’espace qu’elle représente, car des modifications techniques liées au « nettoyage » des géométries sont systématiquement réalisées. Ce dernier point a pour conséquence que les données intégrées dans la base nationale présentent pratiquement toujours des différences avec les données sources.

Actuellement, la mise à jour de la base géographique nationale a lieu une à trois fois par an pour les sites Natura 2000 en fonction des envois à la Commission européenne.