Le concept principal du découpage hydrographique est l’entité hydrographique définie par la circulaire n°91-50.

L’entité hydrographique est un cours d’eau naturel ou aménagé, un bras naturel ou aménagé, une voie d’eau artificielle (canal,…), un plan d’eau ou une ligne littorale.

La nature d’une entité hydrographique n’est pas constante sur toute l’entité. Par exemple, un cours d’eau naturel peut être aménagé sur une partie. Tous ces changements peuvent être indiqués en distinguant des sous-milieux sur l’entité.

Les entités hydrographiques sont décomposées en deux types :

- les entités hydrographiques linéaires ou cours d’eau,

- les entités hydrographiques surfaciques correspondant aux plans d’eau et aux entités linéaires dont les zones larges (supérieures à 50 mètres) sont représentées par des éléments surfaciques. Une entité hydrographique surfacique peut être traversée par un cours d’eau, qui sera nommé cours d’eau principal.

Chaque entité est identifiée par un code générique unique au niveau national. Ce code alphanumérique sur 8 positions est constitué de tirets et de caractères. Par exemple, un cours d'eau qui traverse plusieurs zones ou plusieurs sous-secteurs aura un code générique du format des codes génériques suivants "V12-4000" ou "R5--0420" (cf. ci-après pour la règle de construction). De plus, une entité hydrographique possède une dénomination dite principale.

Règle de construction du code générique de l’entité hydrographique :

A chaque entité hydrographique est attribué un numéro à 3 chiffres (5, 6 et 7ème caractères) unique pour le milieu et la ou les zones hydrographiques auxquels elle appartient : il s'agit du numéro de l'entité hydrographique. Une entité hydrographique appartenant à plusieurs zones conserve son numéro d'entité dans toutes les zones concernées. Deux entités hydrographiques d'un même milieu appartenant à deux sous-milieux différents auront des numéros d'entité distincts. Les quatre premiers caractères du code générique correspondent à l’ensemble des codes invariants des zones hydrographiques, le reste des caractères étant remplacé par des tirets ‘-‘.

Par exemple, le cours d’eau “ Viveronne ” a pour numéro de l’entité : 050 et pour code milieu : 0. Ce cours d’eau est situé à l’intérieur d’une seule zone hydrographique : P737. Son code générique est donc : P7370500

Le cours d’eau “ La Dronne ” a pour numéro d’entité : 025 et pour code milieu : 0 . Ce cours d’eau traverse plusieurs zones hydrographiques (même plusieurs sous-secteurs ) : P746,P744, P742, P70, P734, P731, P730, P716, P715, P714, P711, P710, P702, P701, P700. Parmi ces codes, seuls les deux caractères sont invariants.

Son code générique est donc : P7--0250

De manière similaire, la Garonne a pour numéro d’entité : 000 et pour code milieu : 0. Ce cours traverse plusieurs secteurs hydrographiques (tout commencant par “ 0 ”. Son code générique est : 0---00000

Une entité hydrographique de surface est une entité hydrographique regroupant les plans d'eau et les entités linéaires dont les zones larges (supérieures à 50 mètres) sont représentées par des éléments surfaciques.

Une entité hydrographique est décomposée en éléments hydrographique de surface.

Dans certains cas, une entité hydrographique de surface peut être traversée par un ou plusieurs cours d'eau - cas des plans d'eau. Néanmoins, il est retenu qu'une seule entité hydrographique, dit cours d'eau principal du plan d'eau. Par contre, une entité hydrographique peut être traversée / contenir par un ensemble de tronçons élémentaires.