Les phycotoxines font l’objet d’un suivi systématique en France dans les mollusques bivalves. Le suivi in situ est réalisé par le REPHYTOX (réseau de surveillance des phycotoxines dans les organismes marins) de l’Ifremer pour les coquillages, dans les zones de production (parcs, filières, bouchots, etc.) ou dans les zones de pêche professionnelle. La base de données issue du REPHY (REseau d'observation et de surveillance du PHYtoplancton et de l’hydrologie dans les eaux littorales) est divisée en trois jeux de données selon la famille de toxines analysée, le protocole d’échantillonnage étant différent :

• Les toxines lipophiles (produites par Dinophysis sp.) contaminent les coquillages même à faible dose. Les moules sont particulièrement sensibles à cette contamination et sont donc utilisées comme espèce sentinelle. Elles sont surveillées dans les zones à risque pendant les périodes à risque, définies à partir des données historiques sur les trois années précédentes. Tant qu’elles ne sont pas contaminées, les autres coquillages sont considérés comme non contaminés. Dès que les moules montrent un début de contamination, tous les autres coquillages exploités de la zone doivent être échantillonnés.

• Les toxines paralysantes dites toxines PSP (Paralytic Shellfish Poisoning) retrouvées dans les coquillages des zones côtières présentent une forte corrélation avec les concentrations en cellules phytoplanctoniques du genre Alexandrium dans la colonne d’eau. Ainsi, la présence d’Alexandrium au-dessus des seuils d’alerte déclenche la recherche de toxines PSP par échantillonnage de tous les coquillages présents sur la zone.

• Les toxines amnésiantes dites toxines ASP (Amnesic Shellfish Poisoning) produites dans les gisements côtiers sont toujours associées à des développements importants de la micro-algue Pseudo-nitzschia. La présence, dans la colonne d’eau, de cellules phytoplanctoniques du genre Pseudo-nitzschia au-dessus du seuil d’alerte déclenche la recherche de toxines ASP dans tous les coquillages de la zone.