Catalogue PIGMA
Données de metabarcoding 16S de fientes d'oiseaux de bord de mer, de fientes et litières de volailles, d'eaux de stations d'épurations et de fèces et effluents de bovins et porcins
Ce jeu de données permet d'avoir une vue d'ensemble sur la diversité des communautés bactériennes présentes dans les fèces et les effluents de différentes origines origines et tout particulièrement dans les fientes d’oiseaux sauvages en France. Le but est de développer de nouveaux marqueurs moléculaires associés à ces différentes origines/hôtes pour identifier l'origine des contaminations fécales dans l'environnement.
Simple
- Date (Creation)
- 2018-01-23
- Date (Revision)
- 2021-02-25
- Identifier
- FR-330-715-368-00032-IFR_BIOINFO_BAC_TRAC2
- Identifier
- DOI:10.12770/ddce4bf7-2b71-4929-aa20-50a8fd0e706a
- Credit
- Ifremer - Laboratoire d'Ecologie Pélagique
Author
IFREMER
-
Gourmelon Michele
Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané
,
Brest
,
France
02 98 22 45 76
Publisher
IFREMER / DYNECO/PELAGOS-LABORATOIRE D'ECOLOGIE PELAGIQUE
+33(0)2 98 22 45 98
http://www.ifremer.fr/delec/
IFREMER Centre de Brest BP70
,
PLOUZANE
,
29280
,
France
+33(0)2 98 22 43 34
+33(0)2 98 22 45 98
http://www.ifremer.fr/delec/
- GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
-
- Habitats et biotopes
- Thèmes Sextant
-
- /Milieu biologique/Bio-Informatique
- ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names
-
- Bioinformatique
- Use limitation
- CC-BY (Creative Commons - Attribution)
- Access constraints
- License
- Use constraints
- License
- Metadata language
- Français
- Character set
- utf8 UTF8
- Topic category
-
- Environment
N
S
E
W
))
- Reference system identifier
- EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 8.6
- Distribution format
-
-
(
)
-
(
)
- OnLine resource
- /home/ref-bioinfo/ifremer/sg2m/bactrac ( NETWORK:LINK )
- OnLine resource
-
lien de téléchargement
(
WWW:DOWNLOAD
)
Données BacTrac (lien de téléchargement)
- OnLine resource
-
DOI du jeu de données
(
DOI
)
DOI du jeu de données
- Hierarchy level
- Dataset
- Statement
- Les nouvelles technologies de séquençage haut débit (NGS) proposent de nouvelles méthodes d'analyse de la diversité microbienne dont l’approche metabarcoding 16S. Cet outil a été sélectionné dans le cadre du projet BacTrac ((BACtéries fécales, TRACeurs de contamination dans les eaux, 2016-2020) pour développer de nouvelles boites à outils de "Microbial Source Tracking" (MST, pour traceurs de sources microbiennes). Un échantillonnage de fèces (comprenant en particulier des fientes d’oiseaux sauvages) et d'effluents de différentes origines (sources de pollutions) a été réalisé en France (principalement en Bretagne), et les ADN totaux ont été extrais. La diversité bactérienne de ces échantillons a été explorée en ciblant la région hypervariable V3-V4 du gène codant pour l'ARNr 16S, le marqueur taxonomique de référence pour l'identification des bactéries, cultivées ou non. Les données de séquençage (Illumina MiSeq) ont été analysées avec des outils de bioinformatique (principalement SAMBA, pipeline développé au Sebimer) en exploitant les ressources du calculateur datarmor d'Ifremer. Ces analyses bioinformatiques couplées à des analyses biostatistiques ont permis d'extraire les ASVs spécifiques à une série de sources. Un alignement des séquences obtenues avec une base de données créée au laboratoire permet de définir des amorces spécifiques utilisables en qPCR pour une investigation routinière des sources de pollutions ciblées.
- File identifier
- ddce4bf7-2b71-4929-aa20-50a8fd0e706a XML
- Metadata language
- Français
- Character set
- UTF8
- Hierarchy level
- Dataset
- Date stamp
- 2025-05-16T09:13:17.774359Z
- Metadata standard name
- ISO 19115-3 - SEXTANT ISO 19115-3 - SEXTANT
- Metadata standard version
- 1.0
Point of contact
IFREMER
-
Gourmelon Michele
Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané
,
Brest
,
France
02 98 22 45 76
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