Hydrodynamic and sediment transport simulations in the Gironde Estuary and the adjacent continental shelf based on MARS3D-MUSTANG model using curvilinear mesh grid, 2015 realistic forcing and hourly output time steps

Mediterranean and Black Sea fisheries feature a great variety of target species, vessels and fishing gears and play an important socioeconomic role in the whole region. The mandate of the General Fisheries Commission for the Mediterranean (GFCM) is to ensure the sustainability of fisheries activities through the adoption of adequate management measures. The assessment of the size and state of the stocks exploited by fisheries is one of the pillars of modern management. The GFCM as the responsible Regional Fisheries Management Organisations (RFMO) of the Mediterranean and Black Sea has established permanent working groups on dermersal and small pelagic fish species where fisheries scientists perform their analysis and provide the best scientific advice to better manage fisheries and fish stocks. The groups, in cooperation with regional programs under the Regional Sea Conventions, set standards and guidelines for the collection, transmission and analysis of these data.

31 stations font l'objet d'échantillonnage benthique en zone subtidale et intertidale selon un gradient de présence d'herbier à zostera noltii. Les cartes sont réalisées en avril et en septembre.

Les microorganismes sont des indicateurs de la qualité des milieux naturels (bactéries indicatrices d’un risque associé à l’usage de ces milieux et/ou d’une ressource exploitée) ; mais ils sont également des acteurs dans la transformation de la matière biogène et la dégradation / immobilisation de composés à forte toxicité déversés par les activités humaines. Enfin les microorganismes sont en interaction avec d’autres organismes du milieu : flores symbiontes, commensales ou pathogènes qui peuvent affecter, positivement ou négativement, la dynamique de population des organismes considérés. En zone marine côtière l’habitat benthique occupe une place particulière. Les sédiments, réceptacles des apports de la colonne d’eau constituent un support au développement d’une communauté de micro et de macroorganismes qui interagissent. Le projet abordera deux questions : quelle est la flore bactérienne associée à des macroorganismes benthiques remaniant le sédiment ? en quoi peut–elle être influencée par les communautés procaryotes présentes dans le sédiment ? On s’intéressera de façon non exclusive à la zone intertidale du Bassin d’Arcachon et à deux bivalves : la coque et la palourde. A côté de la flore procaryote (bactéries et archées), une attention sera également portée aux bactéries indicatrices de contamination fécale (E. coli ou entérocoques) qui peuvent (i) trouver dans les sédiments un habitat propice à leur survie ou (ii) y être localement introduites en masse (zones à forte fréquentation aviaire par exemple).

Les consommateurs primaires de la macrofaune benthique ont été prélevés à trois saisons (avril, septembre 2009 et février 2010) et sur les 31 stations benthiques considérées dans la fiche "Cartographie de la matière organique particulaire benthique dans le Bassin d'Arcachon". Le zooplancton a été prélevé aux mêmes dates sur les 4 stations pélagiques de suivi interne au bassin. Des analyses isotopiques et biochimiques sont réalisées sur ces consommateurs primaires.